این مرکز در سال ۱۳۸۲ به عنوان « گروه سلول‌های بنیادی رویان» پایه‌گذاری شد تا پیشگام مطالعه و تحقیق در حوزه سلول‌های بنیادی در ایران و یکی از مراکز معتبر جهانی در این خصوص باشد. در سال ۱۳۹۰ این گروه به سطح «پژوهشکده زیست شناسی و فناوری سلول‌های بنیادی رویان» ارتقا یافت. در حال حاضر تمامی فعالیت‌های این پژوهشکده در سه حوزه به‌هم‌پیوسته «تولید علم»، «ترجمان علم» و «کاربرد علم» متمرکز شده است.
مدیریت پژوهشکده زیست‌شناسی و فناوری سلول‌های بنیادی رویان از بدو تاسیس تا کنون به عهده دکتر حسین بهاروند بوده است.
